Die erste schriftliche Erwähnung als „Arenza“ erfolgte 895 in einer Urkunde, in der der lothringische König Zwentibold der Abtei Echternach den Besitz des Ortes bestätigte. Spätere Dokumente sprechen von Erneza, Herense, Errensem und Ernszem. Die Form Erneza taucht erstmals 1148 in einer päpstlichen Urkunde auf.

1570 wird eine Kapelle am Ort als Filiale von Echternach erwähnt, die 1613 restauriert und 1808 neu aufgebaut wird, ausgestattet mit dem Altar der verfallenen Liboriuskapelle aus Echternach. Ernzen bildete parallel zu Ferschweiler, Prümzurlay und Laeisenhof eine der vier Meiereien der Propstei Echternach. Zu ihr gehörten auch die Ortschaften und Weiler Ernzer Hof, Ferschweiler, Prümzurlay, Echternacher Fähre, Echternacher Brücke und Fölkerbacher Mühle. 1848 zählte diese Bürgermeisterei Ernzen 1612 Einwohner.